１月の能登半島地震発生後、ふるさと納税制度で復旧を後押しする動きが活発になった。現場対応に追われる被災自治体の事務負担を軽減するため、他の自治体が代わりに寄付を受け付ける「代理寄付」も広がった。災害支援の寄付のため返礼品はないが、２０２３年度は他の災害を含め受け付け業務を代行した全国１７５自治体に計２６億円以上が寄せられた。
地震による半壊以上の住家が６２００軒（全体の５９％）に上る石川県輪島市では、地震発生の１月１日から職員が対応に追われた。ふるさと納税の担当職員は２人で、１人は自宅が全壊し集落が孤立、もう１人も避難所運営の手が離せず、１月９日以降にようやく登庁できたという。
一方、地震直後から寄付の申し込みが急増した。確定申告をしなくても寄付分の税控除が受けられる「ワンストップ特例制度」の申請を締め切る１月１０日が迫っていたが、郵便も集配が困難で問い合わせが殺到。関係者は「とても市職員で対応できる状況ではなかった」と説明する。
輪島市への代理寄付は、１月の地震後に５３自治体から約５億６８４０万円（２４年１０月末時点）、９月に発生した豪雨で福井県勝山市など５０自治体から約６８００万円（同）が寄せられた。寄付の際に添えられたメッセージは３千～４千件あり、輪島市へのエールや思い出がつづられ、「私たちもがんばらないと」と職員の力になったという。
同市の永井一成産業部長は、地震発生翌日の１月２日には茨城県境町から代理寄付の申し出があったと振り返り、「ふるさと納税や代理寄付の制度がなければ全国からこれだけ多くの支援をいただくことはできなかった。心から感謝したい」と話す。
総務省の「ふるさと納税に関する現況調査」によると、福井県内で２３年度に代理寄付を担ったのは県と勝山市、越前市、小浜市、あわら市で計約５７００万円。勝山市の約４８１０万円（２１４９件）は全国９位の多さ。石川県珠洲市を対象に１月６日に受け付けを始め、寄付者への受領書発行や送付、ワンストップ特例の申請受け付けの事務を代行した。寄付件数のうち９５％は福井県外から集まったという。９月の豪雨でも業務を代行し、１２月末まで受け付けている。
福井県の杉本達治知事は２４年１１月に東京で開かれたシンポジウムで「豪雨では最初の５日間で１千万円を超え（代理寄付が）定着してきている」と語った。ふるさと納税制度について「返礼品競争と言われたりもしているが、できるだけ本来の趣旨に戻し、税の代わりにその地域で使えることにしていくことも大切。全国の地域活性化が進むことを願っている」と述べた。
