大阪地検特捜部は、障害者団体向けの郵便割引制度を利用するための証明書偽造に関与したとして2009年6〜7月、厚生労働省元事務次官の村木厚子氏を逮捕、起訴した。10年9月に無罪判決が出た直後、証拠品のフロッピーディスクが検察側の構図に沿うよう書き換えられていたことが発覚した。最高検は主任検事だった前田恒彦元検事を証拠隠滅罪で起訴。改ざんを隠したとして犯人隠避罪で元部長と元副部長を起訴した。

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